从头设计多肽

从头设计高亲和短肽服务介绍

1 产品概述

本产品基于先进的从头设计技术，采用RFdiffusion扩散模型🧑🏽‍💻，通过对蛋白质功能片段的精确结构支架化与优化设计，快速生成具有高亲和力结合能力的短肽🔊。RFdiffusion技术利用深度学习驱动的扩散过程🧙🏼‍♂️，能够从随机起始结构逐步生成具有特定功能的高精度蛋白质或短肽结构🐇，这一过程无需依赖天然模板，极大提升了设计的灵活性和创新性👙。该技术广泛应用于靶向治疗药物开发💁🏻‍♂️、抗体设计、酶催化位点优化🧑🏽‍🌾、金属结合位点设计等领域。与传统设计方法相比👩‍🦳，RFdiffusion具备显著优势：一是高效性，无需依赖高通量筛选即可直接获得高亲和力结合短肽🧙🏼‍♂️，显著缩短设计周期；二是精确性，通过迭代去噪与自我条件化机制🏍，确保侧链位置与整体结构预测的高度准确；三是定制化，能够根据特定靶点、结合位点或功能需求🛑，灵活设计输出符合要求的短肽序列和结构6️⃣，充分满足不同研究场景的需求🔬。

2 产品筛选流程

    2.1 需求分析与功能定义

在初步阶段，与客户深入沟通以明确项目需求，获取目标蛋白序列、功能位点以及结合目标等关键信息。通过定义高亲和力结合的具体要求，意昂4为后续设计提供精确的输入参数。

    2.2 结构设计与生成

利用RFdiffusion扩散模型🧲，意昂4从随机化的蛋白质坐标与残基结构开始，通过迭代去噪过程逐步生成符合目标功能的50个短肽结构🧙🏿。整个过程包含以下步骤：

1)       在每一步迭代中，模型对结构进行预测并更新，将残基的坐标和方向逐步优化🧩，直至生成符合要求的蛋白质骨架。

2)       为确保功能目标的实现，设计过程中可根据需求添加约束条件🔬，例如结合位点👌🏽、对称性或特定功能基序。

    2.3 序列优化与预测验证

完成骨架结构设计后，结合ProteinMPNN等序列设计工具🏊，优化短肽的氨基酸序列以适配生成的结构框架𓀋。随后❌，采用AlphaFold 3等蛋白质结构预测模型对设计结果进行验证💧，确保序列能够正确折叠并与目标分子高亲和结合。

    2.4 亲和力评估

利用HDOCK分子对接工具，量化结合能评价所有生成式短肽与目标蛋白的结合能🤥。随后采用AlphaFold技术对筛选出的短肽与目标蛋白复合物的结构进行预测和评估，分析结合的稳定性与特异性🏃🏻‍♀️。

3 拟交付结果